След нападение на злите мишелови, смелите костенурки нинджа Рафаело, Донатело, Микеланджело и Леонардо са принудени да напуснат дома си и да се разделят с любимия си учител Сплиндър. Дали ще успеят да се противопоставят и победят тези силни и гладни врагове? Умният Донатело успява да залови един от опасните мишелови и от него костенурките разбират кой е създателят на машините, които са ги атакували. Но в това време Ейприл – помощничката в лабораторията – проявява прекалено любопитство относно работата на шефа си. За да бъде спасена от ужасна участ, костенурките ще трябва отново да проявят бойните си способности. Ейприл се запознава с костенурките и мъдрия им приятел Сплинтър и от тях научава необикновената история за това как са попаднали в Ню Йорк. Когато Ейприл им разказва за себе си и работата си, костенурките разбират кой е техният истински враг. Това налага да се разправят с мишеловите веднъж за винаги.